Во всех МЭС разработаны единые документированные процедуры в сфере охраны окружающей среды, определены экологические аспекты производственной и хозяйственной деятельности, разработаны мероприятия по достижению экологических целей, внедрена система внутренних экологических аудитов, ведется контроль деятельности подрядных организаций на предмет соблюдения экологических требований на производственных объектах.
Особое внимание в рамках Системы экологического менеджмента уделяется реализации различных добровольных экологических инициатив, таких как участие в проектах по сохранению биоразнообразия в зоне производственной деятельности объектов, снижение количества отходов, размещаемых на полигонах, информирование внешних и внутренних заинтересованных сторон о природоохранной деятельности компании. На регулярной основе проводится обучение персонала по вопросам охраны окружающей среды и системе экологического менеджмента.
Единый сертификат соответствия ПАО «ФСК ЕЭС» международному стандарту ISO 14001:2004 компания намерена получить в конце 2015 года.