По прогнозным данным Дальневосточного управления гидрометеослужбы в третьем квартале 2013 года средняя приточность в р. Бурее будет составлять от 1,5 до 2 тыс. м3/сек. Соответственно, Амурским бассейновым водным управлением установлен для Бурейской ГЭС режим работы со средним расходом через гидроузел до 750 м3/сек. Имеющаяся резервная емкость водохранилища (4,7 км3) при таком режиме работы будет заполнена к моменту входа станции в осенне-зимний период максимума нагрузок.
В случае, если приточность воды в водохранилище будет выше прогнозной, Амурское БВУ скорректирует режим сработки водохранилища таким образом, чтобы объем сбросов оставался равномерным и безопасным для нижележащих населенных пунктов.