Причиной экстремального паводка стали проливные муссонные дожди, которые продолжались в Приамурье в течение нескольких недель. Как уже сообщалось, за несколько дней в области выпала полугодовая норма осадков.
Смягчить сложную паводковую ситуацию этого года позволило наполнение Зейского и Бурейского водохранилищ. Зейская ГЭС уже 40 лет защищает от наводнений населённые пункты Амурской области. За годы эксплуатации (1975–2013 гг.) гидроэлектростанция оправдала своё предназначение, предотвратив 14 больших наводнений и катастрофическое наводнение 2007 года в нижнем течении реки Зея.
Зейское водохранилище многолетнего регулирования позволяет аккумулировать значительную часть притока за счет использования резервной емкости. В случае, если бы сток р.Зеи не был зарегулирован, в нижнем бьефе р.Зеи и на Амуре в Амурской области максимальные уровни этого паводка не только приблизились бы к историческим максимумам, но и превысили уровень опасного явления на более чем 8 м.