За время половодья объем Богучанского водохранилища вырос с 18,627 до 22,368 км3.
Енисейское бассейновое водное управление с 1 июня 2013 года установило для Богучанского гидроузла режим работы с расходом в нижний бьеф 2800-3350 м3/с, при условии поддержания уровня ВБ на отметке 188,0±0,20 м БС. По состоянию на 19 июня 2013 года уровень верхнего бьефа Богучанской ГЭС составил 188,10 м (нормальный подпорный уровень - 208 м), уровень нижнего бьефа - 138,23 м. Общий приток к створу станции составляет 3110 м3/с. Расход в нижний бьеф в течение недели снизился на 100 м3/с, и составляет 3110 м3/с. Через водосброс №1 проходит 2240 м3/с, через гидроагрегаты – 870 м3/с.
В связи с окончанием половодья уровень водохранилища, объемы приточности и другие параметры замеряются дважды в сутки – в 04.00 и в 16.00 по Московскому времени (08.00 и 20.00 по Красноярску). Гидротехнические сооружения и плотина Богучанской ГЭС находятся в исправном состоянии, никаких изменений в состоянии станции во время половодья не произошло.
В марте руководством Богучанской ГЭС была создана паводковая комиссия, в которую вошли специалисты станции и компаний, ответственных за взаимодействие с подрядными строительно-монтажными организациями и администрацией муниципальных образований Кежемского района и города Кодинска. Председателем Паводковой комиссии был назначен главный инженер ОАО «Богучанская ГЭС» Всеволод Демченко. Комиссия создается ежегодно, но в 2013 году она впервые работала в особых условиях - водохранилище заполнено до первой пусковой отметки, четыре агрегата введены в промышленную эксплуатацию. В период паводка проведены испытания гидроагрегата №5, завершившиеся 16 июня пробным включением агрегата в сеть на 72 часа.
Достройка Богучанской ГЭС возобновлена в 2006 году компаниями ОАО «РусГидро» и ОК РУСАЛ после заключения Соглашения о совместной реализации проекта по созданию Богучанского энерго-металлургического объединения (БЭМО) в составе Богучанской ГЭС со среднемноголетней выработкой электроэнергии 17 600 млн. кВтч и алюминиевого завода производительностью 600 тыс. тонн металла в год.
Первые три агрегата Богучанской ГЭС со станционными номерами 1, 2 и 3 были введены в промышленную эксплуатацию 26 ноября, агрегат №4 - 21 января 2013 года после завершения программы испытаний. Совокупная мощность агрегатов, допущенных Ростехнадзором к промышленной эксплуатации, составляет 1332 МВт, реальная с учетом уровня водохранилища – 450-470 МВт. Суточная выработка станции превысила 10,5 млн кВт*ч. В ноябре 2012 года в режиме пусконаладочных работ станция произвела 175 млн кВт*ч электроэнергии, с 1 декабря 2012 года станция начала работать в режиме промышленной эксплуатации на Оптовом рынке электроэнергии и мощности (ОРЭМ). В декабре БоГЭС поставила на ОРЭМ 244 млн кВт*ч электроэнергии, в январе 2013 года – 286 млн кВт*ч, в феврале – 243 млн кВт*ч. Первый миллиард киловатт-часов станция выработала в марте, а всего с момента пуска первых агрегатов Богучанская ГЭС выдала в сеть более 1,8 млрд кВт*ч электроэнергии.