Максимальный приток к створу Зейской ГЭС (за весь период гидрологических наблюдений на р.Зея) зафиксирован 12 июля 2016 года, его величина составила 16100 м³/с. При этом расходы в нижний бьеф составляли всего лишь 726 м³/с. Остальную воду задержало водохранилище, срезав пик притока в 22 раза. Если бы не было плотины и водохранилища, вся вода, не встречая преград оказалась бы ниже по течению Зеи и далее Амура, где находятся крупные населенные пункты.
По состоянию на 19 июля 2016 года уровень Зейского водохранилища - 314,10 м БС, уровень нижнего бьефа – 223,28 м БС.
Гидроэлектростанция работает в штатном режиме, со средним сбросным расходом воды, установленным Амурским бассейновым водным управлением (АБВУ). Холостые сбросы не производятся. В период пропуска половодья осуществляется информационный обмен и взаимодействие органов власти, МЧС, руководства АБВУ, Амурского гидрометцентра, Управления эксплуатации Зейского водохранилища.