Проект очистки водохранилища, реализуемый по заказу Федерального агентства водных ресурсов, стартовал в 2010 году и рассчитан на 7 лет. Его цель улучшение качества воды, состояния ихтиофауны, эстетического облика ландшафта водоема, а также повышение безопасности эксплуатации гидротехнических сооружений Саяно-Шушенского гидроэнергокомплекса, включая ГЭС. Благодаря успешной реализации проекта за 4 года объемы топляка в акватории водохранилища уменьшились почти втрое - с 730 до 281 тысяч м3.
На сегодняшний день основные работы сосредоточены в горном логу правого берега Енисея. Там идет подготовка новой очереди полигона для утилизации древесного хлама. Вместе с тем в подпоре реки Джойская Сосновка проводится уборка прибрежной территории залива от скопившегося за зиму топляка и его вывоз для последующего захоронения. В ближайшее время с приходом «большой воды» к работе приступят буксиры и катера. С помощью современного оборудования и спецтехники плавающая древесина будет собираться в лесоудерживающих запанях в акватории водохранилища и далее транспортироваться к берегам залива. Здесь ее извлекут из воды, отсортируют и доставят на полигон для захоронения, после чего засыпят слоем земли и гравия. Последним этапом утилизации древесного хлама станет рекультивация полигона, включающая посадку травы и саженцев.
ОАО «Транспортная компания РусГидро», ранее ОАО «Саяно-Шушенский автотранспортный центр», создано в октябре 2003 года и является специализированным автотранспортным предприятием, осуществляющим свою деятельность во всех секторах транспортного рынка. Общество является 100% дочерним зависимым обществом ОАО «РусГидро».