В настоящее время гидростанция проходит пик паводка, вызванный таянием ледников в горах Алтая. В связи с гидрологической обстановкой в июле повышение расходов воды через гидросооружения ГЭС производилось три раза. Максимальный приток наблюдался 8-ого июля (4580 м3/с). По информации государственной метеорологической службы приток в III квартале ожидается на 18,5 % больше нормы - 2500 м3/с.
Режимы работы Новосибирской ГЭС устанавливает и регулирует Федеральное агентство водных ресурсов в лице Верхне-Обского бассейнового управления. При этом учитываются интересы всех заинтересованных водопользователей: речного флота, энергетики, Горводоканала, рыбоводства, МЧС, администрации г. Новосибирска, Правительства области.
*Нормальный подпорный уровень (НПУ) — оптимальная наивысшая отметка водной поверхности водохранилища, которая может длительно поддерживаться подпорным сооружением.