В настоящий момент приток к створу станции составляет 3490 м3/с, расход в нижний бьеф через гидроагрегаты - 3285 м3/с, уровень верхнего бьефа – 113,52 (НПУ-113,5), уровень нижнего бьефа – 95,81 м.
Режимы работы Новосибирской ГЭС устанавливает и регулирует Федеральное агентство водных ресурсов в лице Верхне-Обского бассейнового управления. При этом учитываются интересы всех заинтересованных водопользователей: речного флота, энергетики, Горводоканала, рыбоводства, МЧС, администрации г. Новосибирска, Правительства области.